Estas palavras são quase sinônimas, distinguindo-se apenas em que a primeira expressa mais a ação de ser bom e a segunda a inclinação para o bem.
A bondade pura, perfeita e continua é um atributo exclusivo de Deus, e por isso Jesus afirmou que ser bom desta forma é algo somente pertinente à divindade.
O pecado original corrompeu não somente a bondade como todas as demais virtudes comunicadas por Deus à natureza humana; de modo que para se ter resgatada a bondade e a benignidade tal como elas se encontram na pessoa de Deus necessitamos não somente de conversão, de um novo nascimento do Espírito Santo, mas sobretudo de sermos aperfeiçoados no processo de santificação que é operado pelo mesmo Espírito.
Temos o dever de nos submetermos a este trabalho de restauração, não somente quanto à bondade, mas quanto a todas as demais virtudes que pertencem à nova natureza espiritual, celestial e divina que recebemos da parte de Deus na nossa conversão, por meio da fé em Jesus Cristo.
Este dever de ser bom engloba inclusive os nossos inimigos, aos quais devemos amar com o amor de Cristo, ou seja, sem fazer acepção de pessoas, pois é assim que Deus ama a humanidade e lhe faz bem.
Todavia, isto não significa que esta bondade deve ser exercida segundo os critérios do mundo quanto ao que seja bondade, como por exemplo, satisfazer prazeres pecaminosos ou contribuir para que haja um emprego maligno dos nossos dons e serviços ao próximo.
Pois que bem há em dar dinheiro para quem o usará para se drogar?
Que bem há em poupar um filho da necessária disciplina simplesmente para agradá-lo?
E os exemplos se multiplicam e nos faltaria o espaço necessário para enumerá-los.
Há muita beneficência que é realizada para fins escusos e interesseiros, e isto de igual modo deve ser evitado.  
Assim, à beneficência deve preceder o amor, a sinceridade, a verdade e a justiça; pois onde isto faltar, não haverá nenhuma beneficência sendo feita de fato.
A excelência da bondade se encontra justamente em se amar aqueles que são nossos inimigos, ou estranhos e que nada têm para nos dar em troca, como no dizer de Jesus:
“46 Pois, se amardes aos que vos amam, que recompensa tereis? não fazem os publicanos também o mesmo?
47 E, se saudardes somente os vossos irmãos, que fazeis demais? não fazem os gentios também o mesmo?
48 Sede vós, pois, perfeitos, como é perfeito o vosso Pai celestial.” (Mateus 5.46-48)
Somos portanto exortados a exercer uma bondade que seja perfeita como a de Deus, ou seja, desinteressada e que não exclua a qualquer pessoa de ser alvo da mesma.

Você pode ler os versículos bíblicos contendo destacadas as palavras
1 – agathosune (grego) - bondade, beneficência;
2 – cherestostes (grego) - benignidade, gentileza;
3 – chesed (hebraico) - bondade, benignidade, amor, misericórdia; relativas ao assunto, acessando o seguinte link:

http://www.recantodasletras.com.br/mensagensreligiosas/5390653

Pr Silvio Dutra